Windows版のImageMagickバイナリ（ http://www.imagemagick.org/script/index.php ここから、左欄 Binary Release / Wnidows ）をインストールすると、ffmpegがもれなくついてくる。
いろんなライブラリも入ってて重宝してるんだが、 MPEG-4のビデオをコマンドラインで3gp形式に変換しようとして、 音声エンコードでハマった。が、同じ所でハマっている人がいたので、 それを参考に音声回りのパラメータ追加。
c:\Program Files\ImageMagick-6.7.5-Q16\ffmpeg.exe" -y -i InputVideo.mp4 -s 352x288 -acodec libopencore_amrnb -ar 8000 -ab 7.95k -ac 1 OutputVideo.3gp
あとはマルチスレッド対応になれば言うことないんだが。。。